La troisième sous-direction est chargée des budgets de l'enseignement scolaire, de la recherche, de l'enseignement supérieur, de l'industrie, et de ceux concernant les financements structurés et les garanties de l'Etat.
Elle traite des dispositifs d'aide au commerce extérieur et des participations de l'Etat.
Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes chargés de l'industrie, des petites et moyennes entreprises, du commerce, de l'artisanat, de l'éducation nationale et de la recherche ainsi que des dispositifs de soutien au commerce extérieur.