L'établissement public Bpifrance est administré par un conseil d'administration comprenant, outre le président, six représentants de l'Etat, qui sont nommés par décret.
Parmi eux, trois membres sont désignés sur proposition du ministre chargé de l'économie, un membre sur proposition du ministre chargé du budget, un membre sur proposition du ministre chargé de l'industrie et un membre sur proposition du ministre chargé de la recherche.
La durée du mandat des représentants de l'Etat est de cinq ans.