Chaque étudiant de troisième cycle des études de médecine conclut un contrat de formation au cours de la phase 1, dite phase socle définie à l'article R. 632-20.
Ce contrat définit les objectifs pédagogiques et le parcours de formation suivi au sein de la spécialité. Il peut faire l'objet d'évolutions, notamment pour y inclure une option ou une formation spécialisée transversale que l'étudiant est autorisé à suivre et le cas échéant, le parcours recherche dans lequel il est engagé.
Il est établi entre l'étudiant de troisième cycle des études de médecine, le directeur de l'unité de formation et de recherche de médecine et la commission locale de coordination de la spécialité définie à l'article R. 632-14.
Un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense fixe les modalités d'élaboration et de suivi du contrat de formation et en définit un modèle type.