Le choix des stages est organisé dans le cadre de chaque subdivision pour les phases socle et d'approfondissement et dans le cadre de chaque région mentionnée à l'article R. 632-12 pour la phase de consolidation, par le directeur général de l'agence régionale de santé, selon des modalités précisées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Les affectations en stage sont prononcées par arrêté du directeur général de l'agence régionale de la santé.
Les étudiants de troisième cycle des études de médecine qui ne participent pas à un choix des postes en raison de l'interruption de leur formation pour un motif autre que la mise en disponibilité prévue à l'article R. 6153-26 du code de la santé publique et dûment justifié auprès du directeur général de l'agence régionale de santé et du directeur de leur unité de formation et de recherche médicale d'inscription sont, à leur demande, affectés en stage, dans l'attente du choix suivant. Ils accomplissent leur stage en surnombre sur un poste agréé de leur subdivision, proposé au choix et auquel ils auraient eu accès au regard de leur ancienneté de fonctions validées et de leur rang de classement. Ce poste est arrêté par le directeur général de l'agence régionale de santé en lien avec le directeur de leur unité de formation et de recherche.