Le conseil d'administration de l'agence est présidé par le président-directeur général de l'établissement. Il comprend, outre son président :
1° Douze membres représentant l'Etat :
a) Le directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises ou son représentant ;
b) Le directeur des affaires financières, sociales et logistiques au ministère chargé de l'agriculture, ou son représentant ;
c) Le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture ou son représentant ;
d) Le directeur général de la cohésion sociale ou son représentant ;
e) Le directeur de la direction de l'animation et de la recherche, des études et des statistiques ou son représentant ;
f) Le délégué général à l'emploi et à la formation professionnelle ou son représentant ;
g) Un représentant du ministre chargé de l'aménagement du territoire désigné par celui-ci ;
h) Le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature, ou son représentant ;
i) Le directeur du budget ou son représentant ;
j) Le directeur général des finances publiques ou son représentant ;
k) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
l) Le directeur général des outre-mer ou son représentant.
2° Dix représentants d'établissements et organismes publics et organisations professionnelles partenaires :
a) Le président de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture ou son représentant ;
b) Le président du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins ou son représentant ;
c) Le président de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la pêche (FranceAgriMer) ou son représentant ;
d) Le président de l'Office de développement de l'économie agricole d'outre-mer ou son représentant ;
e) Le directeur général de Pôle emploi ou son représentant ;
f) Cinq personnalités choisies parmi les personnes proposées par les organisations syndicales d'exploitants agricoles représentatives mentionnées à l'article R. 514-39, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.