L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de douze membres comprenant :
1. Six représentants de l'Etat :
a) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
b) Le directeur du budget ou son représentant ;
c) Le directeur général du Trésor ou son représentant ;
d) Le directeur général des infrastructures, des transports et de la mer ou son représentant ;
e) Le directeur des infrastructures de transport ou son représentant ;
f) Le commissaire général au développement durable ou son représentant.
2. Un député et un sénateur, trois élus locaux et une personnalité qualifiée.