Le conseil d'administration est composé de trente-trois membres avec voix délibérative. Outre deux députés et deux sénateurs, il comprend :
1° Seize représentants de l'Etat :
a) Deux représentants du ministre chargé de l'aménagement du territoire ;
b) Deux représentants du ministre chargé des collectivités territoriales ;
c) Un représentant du ministre chargé du budget ;
d) Un représentant du ministre chargé des communications électroniques ;
e) Un représentant du ministre chargé de la culture ;
f) Un représentant du ministre chargé du développement durable ;
g) Un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale ;
h) Un représentant du ministre de l'intérieur ;
i) Un représentant du ministre chargé du logement ;
j) Un représentant du ministre chargé des outre-mer ;
k) Un représentant du ministre chargé de la politique de la ville ;
l) Un représentant du ministre chargé de la recherche ;
m) Un représentant du ministre chargé de la santé ;
n) Un représentant du ministre chargé des transports ;
2° Un représentant de la Caisse des dépôts et consignations ;
3° Dix représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements dont au moins un élu représentant une collectivité d'outre-mer :
a) Un représentant nommé après consultation de l'Association des maires de France ;
b) Un représentant nommé après consultation de l'Assemblée des communautés de France ;
c) Un représentant nommé après consultation de l'Assemblée des départements de France ;
d) Un représentant nommé après consultation de l'Association Régions de France ;
e) Un représentant nommé après consultation de l'Association Villes de France ;
f) Un représentant nommé après consultation de l'association des maires ruraux de France ;
g) Un représentant nommé après consultation de l'association Villes et banlieues ;
h) Un représentant nommé après consultation de l'association France Urbaine ;
i) Un représentant nommé après consultation de l'association des petites villes de France ;
j) Un représentant nommé après consultation de l'association nationale des élus de la montagne ;
4° Deux représentants du personnel, élus selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de l'aménagement du territoire.
Un suppléant est désigné pour les membres autres que les parlementaires selon les mêmes modalités que pour les membres titulaires.
Outre un représentant de l'Agence nationale pour la rénovation urbaine, un représentant de l'Agence nationale de l'habitat, un représentant de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et un représentant du Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement, assistent au conseil avec voix consultative le directeur général de l'Agence nationale de la cohésion des territoires, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'établissement ainsi que le directeur général des collectivités locales, commissaire du Gouvernement, ou son représentant et, au titre des personnalités qualifiées mentionnées au troisième alinéa du II de l'article L. 1232-1, un membre du Conseil économique, social et environnemental désigné par son président et un membre d'un conseil citoyen prévu à l'article 7 de la loi n° 2014-173 du 21 février 2014 de programmation pour la ville et la cohésion urbaine nommé par le ministre chargé de l'aménagement du territoire.
Peut en outre y assister toute personne dont le président juge la présence utile.