L'Agence nationale de la cohésion des territoires est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.
A compter du 1er janvier 2021, l'agence tient une comptabilité analytique dans les conditions prévues à l'article 209 de ce décret.