Le conseil d'administration de l'établissement comprend quarante-quatre membres ainsi répartis :
a) Membres de droit :
- six représentants de l'Etat, dont au moins un représentant du ministre chargé de l'agriculture, un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur, un représentant du ministre chargé de la recherche et un représentant du ministre chargé de l'environnement, ou leurs suppléants, nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
-le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux ou son représentant ;
-trois représentants des collectivités territoriales d'implantation de l'établissement ou leurs suppléants choisis par le conseil d'administration ;
-le président de l'université Paris-Saclay ;
b) Membres nommés :
-onze personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche, deux sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et au moins un parmi les anciens élèves ;
c) Membres élus :
-quatre représentants des professeurs et personnels de niveau équivalent ou leurs suppléants ;
-quatre représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ou leurs suppléants ;
-cinq représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
-deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ou leurs suppléants ;
-sept représentants des étudiants, dont un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.