L'utilisation des produits et moyens destinés à détruire ou à réguler des espèces animales ou végétales en dehors des enceintes closes et des bâtiments à usage d'habitation ou technique et leurs annexes, est soumise à autorisation du directeur de l'établissement public.
Les mesures destinées à limiter ou réguler les populations d'espèces animales ou végétales surabondantes ou vecteurs de maladie pouvant être à l'origine de risques sanitaires, ou à éliminer des individus d'espèces animales ou végétales envahissantes sont prises par le directeur de l'établissement public, selon les modalités recommandées par le conseil scientifique.
Les espèces animales dont la destruction ou la régulation sont interdites dans le cœur du parc figurent sur une liste établie par la charte. Après avis du conseil scientifique, le conseil d'administration de l'établissement public peut interdire la destruction ou la régulation d'autres espèces que celles figurant sur cette liste, pour une période déterminée et, le cas échéant, dans des secteurs identifiés.