Le président de l'université Paris-Dauphine est élu par l'ensemble des membres du conseil d'administration, du conseil scientifique et du conseil de la formation et de la vie étudiante réunis en assemblée, à la majorité absolue des membres en exercice de celle-ci, dans les conditions définies par le règlement intérieur de l'université Paris-Dauphine. Il est choisi parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés, sans condition de nationalité. Le président de l'Université PSL émet un avis sur chacune des candidatures.
Le mandat du président, d'une durée de quatre ans, expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels du conseil d'administration. Il est renouvelable une fois.
Dans le cas où le président cesse ses fonctions, pour quelque cause que ce soit, un nouveau président est élu pour la durée du mandat de son prédécesseur restant à courir.
Les fonctions de président sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'université, de fonctions électives et de fonctions de directeur d'une composante.
Il est assisté d'un comité exécutif composé des vice-présidents et du directeur général des services.