Le ministre chargé de l'enseignement supérieur exerce à l'égard de l'Ecole nationale des chartes les compétences attribuées au recteur d'académie par la loi du 26 janvier 1984 précitée et ses décrets d'application.
L'Ecole nationale des Chartes est établissement-composante de l'Université Paris sciences et lettres (PSL).