Le directeur est choisi parmi les directeurs d'études de l'Ecole pratique des hautes études, de l'Ecole nationale des chartes et de l'Ecole française d'Extrême-Orient ou parmi les professeurs des universités et personnels assimilés au sens de l'article 6 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités.
Il est nommé par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé des enseignements supérieurs, après avis du conseil d'administration et consultation du conseil scientifique et avis du président de l'Université PSL. Son mandat est de cinq ans immédiatement renouvelable une fois.