Lorsque la demande est présentée au titre de l'établissement, les congés pour recherches ou conversions thématiques sont accordés par le président ou le directeur de l'établissement, au vu des projets présentés par les candidats, après avis du conseil scientifique de l'établissement ou de l'organe en tenant lieu, qui propose la durée de six ou douze mois. Lorsqu'un enseignant-chercheur effectue ses activités de recherche au sein d'un établissement autre que son établissement d'affectation, cet avis est rendu par le conseil scientifique de l'établissement au sein duquel sont effectuées les activités de recherche. Les modalités de déroulement du congé sont fixées dans le cadre d'une convention entre les deux établissements.
Lorsque la demande est présentée au titre de l'une des sections du Conseil national des universités ou de l'une de celles du groupe des disciplines pharmaceutiques du Conseil national pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques, le président ou le directeur de l'établissement la transmet, avec son avis, au ministre chargé de l'enseignement supérieur. Celui-ci saisit la section compétente du Conseil national des universités ou, le cas échant, la section compétente du groupe des disciplines pharmaceutiques du Conseil national des universités pour les disciplines de santé, qui propose les candidatures retenues ainsi que la durée des congés proposés dans la limite des possibilités qui ont été notifiées à la section. Cette durée est de six ou douze mois et ne peut pas être fractionnée.