Dans le ressort de chaque cour d'appel sont établis un ou plusieurs tribunaux de l'application des peines dont la compétence territoriale, correspondant à celle d'un ou plusieurs tribunaux judiciaires du ressort, est fixée par décret. Le tribunal de l'application des peines est composé d'un président et de deux assesseurs désignés par le premier président parmi les juges de l'application des peines du ressort de la cour.
Dans les départements d'outre-mer, un membre au moins du tribunal de l'application des peines est juge de l'application des peines. Un tribunal de l'application des peines est également établi au tribunal judiciaire de Cayenne et est composé d'au moins un juge de l'application des peines. En Nouvelle-Calédonie, en Polynésie française et dans la collectivité de Saint-Pierre-et-Miquelon, le tribunal de l'application des peines peut être composé d'un seul membre, juge de l'application des peines.
Les débats contradictoires auxquels procède cette juridiction ont lieu au siège des différents tribunaux judiciaires du ressort de la cour d'appel ou dans les établissements pénitentiaires de ce ressort.
Les fonctions de ministère public sont exercées par le procureur de la République du tribunal judiciaire où se tient le débat contradictoire ou dans le ressort duquel est situé l'établissement pénitentiaire où se tient ce débat.