Le conseil d'évaluation de l'école élabore son programme de travail annuel qui est approuvé par une délibération de ses membres. Ce programme de travail annuel est transmis au ministre chargé de l'éducation nationale avant d'être rendu public, dans un délai d'un mois.
Au titre de la mission relative aux évaluations des établissements mentionnée au 2° de l'article L. 241-12, le conseil d'évaluation de l'école analyse la proposition de programmation des évaluations des établissements pour l'année scolaire à venir et les résultats des évaluations des établissements réalisées au cours de l'année scolaire écoulée que lui transmet, chaque année en fin d'année scolaire, le recteur d'académie.
Sous l'autorité du président, un secrétaire général, nommé par le ministre chargé de l'éducation nationale, assure l'organisation des travaux du conseil.
Les frais occasionnés par les déplacements et les séjours des membres du conseil et des personnes qu'il appelle en consultation sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.