Le conseil d'administration comprend vingt-huit membres ainsi répartis :
a) Membres de droit :
― un représentant du ministre chargé de l'agriculture ou son suppléant ;
― un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou son suppléant ;
― le président de l'université de Dijon ou son suppléant ;
― un représentant de l' Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ou son suppléant, désigné par le président-directeur général de l'établissement ;
― deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant ou leurs suppléants ; ces collectivités sont choisies par le conseil d'administration.
b) Membres nommés :
― huit personnalités qualifiées, dont deux personnalités scientifiques étrangères, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement désignées conjointement par les ministres chargés de la tutelle, dont quatre sur proposition du ministre chargé de l'agriculture et quatre sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
c) Membres élus :
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des professeurs relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 6 juin 1984 susvisé et personnels assimilés ;
― deux représentants des maîtres de conférences relevant du décret du 21 février 1992 susvisé et personnels assimilés ;
― un représentant des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, des ingénieurs de l'agriculture et de l'environnement et des autres personnels enseignants ;
― trois représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ;
― deux représentants des étudiants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les personnalités désignées au b.