Pour les espèces bovine, ovine, caprine, porcine et leurs filières de production, la base de données centrale rassemblant l'ensemble des données gérées collectivement est placée sous la responsabilité de l'Etat. La maîtrise d'oeuvre en est confiée à l' Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.
Pour les espèces équine et asine, l'établissement public Institut français du cheval et de l'équitation délivre aux organismes agréés au sens de l'article L. 653-3 les informations nécessaires à l'accomplissement de leur mission.
Des arrêtés du ministre chargé de l'agriculture fixent les conditions dans lesquelles les informations nécessaires à l'amélioration génétique des équidés sont transmises au fichier central des équidés par les organismes agréés.