Le comité ministériel d'audit interne est présidé par le ministre ou, à défaut, le directeur de son cabinet. Il comprend :
1° Le secrétaire général du ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
2° Le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux ou son représentant ;
3° Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel ou son représentant ;
4° Trois personnalités, nommées pour trois ans sur décision du ministre en charge de l'agriculture, choisies en raison de leur compétence ou expérience dans le domaine de l'audit interne ou de la gestion publique ou de la gestion des politiques publiques conduites par le ministère chargé de l'agriculture.
Assistent de plein droit aux travaux du comité sans voix délibérative :
a) Le directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises ou son représentant,
b) Le directeur général de l'alimentation ou son représentant,
c) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche ou son représentant,
d) Le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture ou son représentant,
e) Le directeur des affaires financières, sociales et logistiques ou son représentant,
f) Le directeur des affaires juridiques ou son représentant.
Le président de la mission ministérielle d'audit interne est associé aux travaux du comité.
En tant que de besoin, peuvent participer aux réunions du comité ministériel d'audit interne un représentant des directions ou services du ministère que ce soit en administration centrale ou en services déconcentrés ainsi qu'un ou plusieurs directeurs généraux des opérateurs du ministère chargé de l'agriculture.
Le secrétariat du comité ministériel d'audit interne est assuré par le la mission d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux. Le comité ministériel se réunit au moins deux fois par an, sur convocation du ministre. Ses membres veillent au respect de la confidentialité des données auxquelles ils ont accès en raison de leur participation aux travaux du comité.
Un règlement intérieur fixe les modalités de fonctionnement du comité ministériel d'audit interne.