L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.
L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget, sur proposition du président de l'institut.
Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'institut, après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.