Le Haut Conseil peut s'organiser en départements chargés, sous la responsabilité du président, de mettre en œuvre une ou plusieurs des missions énoncées à l'article L. 114-3-1 du code de la recherche. Les responsables de ces départements sont nommés pour un mandat de quatre ans renouvelable une fois.
Le Haut Conseil comporte également un observatoire des sciences et techniques chargé de conduire des études et analyses stratégiques, dirigé par un directeur et doté d'un conseil d'orientation scientifique. Le directeur de l'observatoire est nommé sur proposition du conseil d'orientation scientifique pour un mandat de quatre ans renouvelable une fois.
Sans préjudice du contrôle exercé par la Cour des comptes, dans les conditions prévues par le code des juridictions financières, le Haut Conseil n'est pas soumis au contrôle budgétaire prévu aux articles 87 à 106 du décret du 7 novembre 2012 susvisé. Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées auprès du Haut Conseil par décision du président, dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.