Le secrétariat général est chargé d'organiser les activités de soutien aux opérations relevant de la politique de sécurité économique.
A ce titre, notamment, il assure l'expertise juridique au sein du service et anime le réseau régional des délégués à l'information stratégique et à la sécurité économiques.
Il est, en outre, chargé du secrétariat des instances de gouvernance interministérielles dans les domaines relevant de la compétence du service.