A titre dérogatoire, les déplacements effectués par l'agent (dont les magistrats issus des institutions supérieures de contrôles étrangères) dans le cadre du commissariat aux comptes d'organisations internationales coordonnées, liées au système des Nations unies ou autres sont indemnisés selon les modalités fixées par l'Organisation des Nations unies et reprises en annexe. Il bénéficie à ce titre de l'indemnité journalière de subsistance selon les barèmes publiés mensuellement par la Commission de la fonction publique internationale (CFPI).
Les déplacements effectués, au titre des actions de jumelage et conventions de partenariat avec des institutions supérieures de contrôle, à l'étranger par l'agent (dont les magistrats issus des institutions supérieures de contrôles étrangères), dans le cadre de programmes d'assistance technique financés par des bailleurs de fonds (notamment la Banque mondiale, le Fonds monétaire international, la Commission européenne), sont indemnisés selon les modalités fixées par la Commission européenne. Elles sont détaillées au sein du manuel commun de jumelage, des contrats des jumelages financés par l'Union européenne et des conventions signées entre la Cour des comptes et les agences chargées de la coordination du projet d'appui.