Le président du conseil de l'institut est élu parmi les personnalités extérieures désignées par le recteur d'académie, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité de voix à l'issue du second tour, le candidat le plus jeune est élu.
En cas de partage égal des voix lors d'une séance du conseil de l'institut, le président a voix prépondérante.