L'office public de l'habitat est redevable d'une contribution au fonctionnement du service comptable public, dont le tarif est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé du logement.
Toutefois, une convention conclue entre l'office et le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques du lieu du siège de l'office peut prévoir une exonération totale ou partielle de cette contribution lorsque l'office met gratuitement à la disposition du comptable de l'office des personnels qu'il rémunère et qui sont placés sous l'autorité directe du comptable.
Le comptable public peut réaliser, pour le compte de l'office, des prestations n'ayant pas le caractère obligatoire qui résulte de sa fonction de comptable de la direction générale des finances publiques. Le conseil d'administration peut alors décider de lui allouer une rémunération spécifique, selon des modalités déterminées par un arrêté interministériel du ministre chargé du budget et du ministre chargé du logement.
Les personnels des services déconcentrés de la direction générale des finances publiques participant à la gestion des offices publics de l'habitat perçoivent une indemnité de gestion, à la charge de l'Etat, déterminée à partir des contributions des offices dont ils assurent la gestion comptable. Les catégories de personnels concernés et le montant qui leur est attribuable à ce titre sont fixés par arrêté du ministre chargé du budget.