Le secrétariat général assure le fonctionnement courant de la direction générale et assure la coordination de l'action des services de celle-ci vis-à-vis des directions (régionales) des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi (DI[R]ECCTE), en liaison avec les autres directions et ministères concernés. Il concourt à la préparation et au suivi des objectifs annuels, des dialogues de gestion et au suivi de l'activité des pôles chargés du développement économique au sein des DI[R]ECCTE, au travers d'indicateurs et outils relatifs aux missions et actions opérationnelles.
Il comprend une sous-direction du pilotage, de la stratégie et de la performance ainsi que, directement placés auprès du secrétaire général, un bureau du pilotage des corps techniques, une mission de suivi personnalisé des parcours professionnels des corps techniques et une mission du contrôle de gestion. Le sous-directeur assiste le secrétaire général pour l'ensemble de ses attributions et porte le titre d'adjoint au secrétaire général.