Le directeur du Commandement spécialisé pour la sécurité nucléaire est assisté, pour l'ensemble de ses attributions, d'un directeur adjoint qui le supplée.
Le service comprend, outre le cabinet :
- le département de l'appui aux opérateurs ;
- le département des opérations et de l'emploi ;
- le département du soutien opérationnel.
Les bureaux composant le service peuvent être amenés à contribuer à la constitution d'une cellule ad hoc en cas d'événement inopiné ou programmé.