L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228.
Un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre de la défense précise les modalités de ce fonctionnement.
Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées conformément au décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avance des organismes publics.
Le contrôle de l'établissement est exercé conformément au décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Un arrêté du ministre chargé du budget précise les modalités de ce contrôle.