En application du III de l'article 3 du décret du 29 avril 2010 susvisé, les directeurs régionaux de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt des régions Nouvelle-Aquitaine, Auvergne-Rhône-Alpes, Bourgogne-Franche-Comté, Centre-Val de Loire, Grand Est et Provence-Alpes-Côte d'Azur sont chargés d'une mission de surveillance phytosanitaire des forêts sur leur région.
En outre, le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt de la région Centre-Val de Loire assure cette mission en régions Bretagne, Ile-de-France, Hauts-de-France, Normandie et Pays de la Loire, et le directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur en régions Corse et Occitanie.