Le règlement intérieur du comité des opérateurs du réseau, qui fixe ses modalités d'organisation et de fonctionnement, est adopté par le comité et approuvé par arrêté du ministre chargé des transports.
Il prévoit en particulier :
-la création d'une instance plénière au sein de laquelle sont représentées les différentes catégories de membres mentionnés à l'article 3 ;
-la création au sein du comité de groupes thématiques, dont il définit la composition et les objectifs ;
-la création d'un collège distinct réunissant, au moins deux fois par an, les représentants des autorités organisatrices de transport ferroviaire, et auquel sont soumis pour avis les projets d'investissements de long terme portés par SNCF Réseau ainsi que ceux ayant un impact sur les autres modes de transport ;
-les conditions dans lesquelles le comité peut être saisi à fin de règlement amiable, sans préjudice des compétences exercées par l' Autorité de régulation des transports ou des voies de recours prévues par les lois, règlements et contrats, des différends afférents à l'interprétation et à l'application de la charte ;
-les conditions dans lesquelles le comité peut être saisi par le ministre chargé des transports de toute demande d'avis ou d'étude technique en rapport avec la réalisation des objectifs énoncés à l'article L. 2100-2 du code des transports.