Le coordonnateur de la mission élabore le rapport annuel d'activité de la mission de contrôle pédagogique en distinguant les activités par région et le transmet aux préfets de région, aux directeurs régionaux de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ainsi qu'au directeur général de l'enseignement et de la recherche du ministère chargé de l'agriculture. Le rapport annuel est présenté au conseil national de l'enseignement agricole, aux comités régionaux de l'enseignement agricole ainsi qu'au conseil national de l'enseignement supérieur agronomique et vétérinaire le cas échéant.