Le directeur de l'observatoire est nommé, pour une durée de cinq ans immédiatement renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche, après avis du conseil d'administration. Il est choisi parmi les astronomes ou les professeurs d'université et les autres personnels appartenant à des catégories assimilées, en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 susvisé, relevant de disciplines correspondant aux missions de l'observatoire.
Le président d'Université Côte d'Azur émet un avis sur les candidatures transmises au conseil d'administration.