La gestion des réserves naturelles peut être confiée par voie de convention à des établissements publics ou des groupements d'intérêt public lorsque la protection du patrimoine naturel ressort des missions confiées à ces établissements et groupements, ou à des syndicats mixtes, des associations régies par la loi du 1er juillet 1901 relative au contrat d'association ainsi que des associations d'Alsace et de Moselle régies par les articles 21 à 79-III du code civil local ou des fondations lorsque la protection du patrimoine naturel constitue l'objet statutaire principal de ces syndicats, associations et fondations, ou à des fédérations régionales des chasseurs.
Elle peut être également confiée aux propriétaires de terrains classés dans la réserve naturelle, à des collectivités territoriales ou à des groupements de collectivités.
Un comité national ou régional des pêches maritimes et des élevages marins créé en application de l'article L. 912-1 du code rural et de la pêche maritime ou un comité national ou régional de la conchyliculture créé en application de l'article L. 912-6 du même code peut, à sa demande, se voir confier la gestion ou être associé à la gestion d'une réserve naturelle, lorsque celle-ci comprend une partie maritime.