La direction du numérique pour l'éducation comprend, outre le département de la stratégie et des partenariats, le département de la programmation et des affaires générales et l'administrateur ministériel des données :
-la sous-direction de la transformation numérique ;
-la sous-direction des services numériques ;
-la sous-direction du socle numérique ;
-la délégation des services numériques pour l'administration centrale ;
-la délégation des systèmes d'information des ressources humaines.
Le directeur est assisté d'un chef de service ayant la qualité d'adjoint au directeur.