La sous-direction du pilotage du recrutement et de le traitement des enseignants-chercheurs est chargée du pilotage et du conseil en gestion des enseignants-chercheurs et assure le traitement des actes relatifs aux enseignants-chercheurs lorsque ces actes ne sont pas déconcentrés.
Elle contribue au traitement des affaires disciplinaires et contentieuses pour les actes de compétence ministérielle.
Elle coordonne les procédures de recrutement des enseignants-chercheurs et organise les concours de l'agrégation de l'enseignement supérieur et les concours de recrutement des enseignants de médecine générale.
Elle organise les concours de recrutement des personnels de statut hospitalo-universitaire et la gestion administrative de ces personnels en relation avec le ministère chargé de la santé.
Elle prépare les travaux nécessaires à la qualification, la promotion, le suivi de carrière des enseignants-chercheurs et est chargée de la gestion administrative des instances qui y concourent. A ce titre, elle assure le secrétariat permanent prévu à l'article 13 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités et organise les élections professionnelles du Conseil national des universités.
Elle accompagne les établissements dans le développement des parcours professionnels des enseignants-chercheurs, notamment à l'étranger.
Elle anime le réseau des directions des ressources humaines des établissements d'enseignement supérieur et des organismes de recherche.
Elle assure le secrétariat permanent du Collège de déontologie du ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation.
La sous-direction du pilotage du recrutement et de la gestion des enseignants-chercheurs est constituée :
― du département du pilotage et de l'expertise auprès des établissements ;
― du département de conseil et d'appui aux instances nationales ;
― du département des personnels enseignants-chercheurs des disciplines de santé.