Le secrétariat général comprend, outre les directions, délégations et services qui lui sont rattachés et dont les missions sont définies aux articles 3 à 42 et la délégation à la protection des données :
― la mission de la politique de l'encadrement supérieur ;
― le pôle “ cabinet ” qui comprend la mission “ coordination animation et appui ” ;
― le pôle “ action territoriale ” qui comprend le département des politiques locales et la cellule bâti scolaire ;
― le pôle “ modernisation, innovation, transformation ” qui comprend la cellule des consultants internes, la cellule de développement des financements alternatifs et d'accompagnement des porteurs de projets innovants et le département de la modernisation ;
― le pôle “ appui au pilotage et contrôle interne ”, qui comprend la cellule de pilotage des systèmes d'information et la mission de contrôle interne pour la maîtrise des risques.
Le secrétariat général, conjointement avec la direction générale de l'enseignement scolaire, comprend également la direction du numérique pour l'éducation, dont les missions sont définies aux articles 53 à 57.
Le secrétaire général est assisté par un chef de service, secrétaire général adjoint.