Pour l'application de l'article L. 221-3-1 le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie met en oeuvre les orientations et décisions adoptées par le conseil et, pour l'assurance accidents du travail et maladies professionnelles, celles adoptées par la commission mentionnée à l'article L. 221-4. Il peut, le cas échéant, recevoir délégation de ces deux instances.
Il est responsable de la mise en oeuvre de la politique de gestion du risque ainsi que de celle de la réalisation des objectifs définis dans la convention d'objectifs et de gestion prévue à l'article L. 227-1. Il assure la coordination et l'homogénéité de la gestion du risque sur l'ensemble du territoire.
Le directeur général a seul autorité sur le personnel, fixe l'organisation du travail dans les services et assure la discipline générale. Sous réserve de dispositions législatives ou réglementaires donnant compétence à une autre autorité, il prend toutes mesures individuelles concernant la gestion du personnel.
Le directeur général assure la gestion des budgets nationaux de gestion et d'intervention et arrête notamment les états prévisionnels. Il est l'ordonnateur des recettes et des dépenses. Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, il arrête les comptes annuels ainsi que les comptes combinés établis par l'agent comptable. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires. Il peut déléguer sa signature à ceux de ses collaborateurs qui exercent une fonction de direction au sein de l'établissement pour effectuer en son nom soit certains actes, soit tous les actes relatifs à certaines de ses attributions.
Il représente la caisse en justice et dans tous les actes de la vie civile ainsi que les caisses locales dans le cadre de la procédure prévue à l'article L. 171-7. Il conclut au nom de l'établissement public tous les contrats, conventions et marchés. Il prend les actes d'acquisition et d'aliénation des biens mobiliers et immobiliers et accepte les dons et legs. Il peut signer des transactions sur les litiges.
En cas de vacance d'emploi, d'absence momentanée ou d'empêchement du directeur général, ses fonctions sont exercées par un agent de direction de l'établissement public désigné préalablement à cet effet par le directeur général.