Le conseil se réunit au moins quatre fois par an sur convocation de son président. L'ordre du jour est fixé par le président.
Lorsque la réunion du conseil intervient à la demande du ou des ministres chargés de la sécurité sociale, de l'agriculture et du budget, ou de la moitié au moins des membres du conseil, la convocation est de droit dans les vingt jours suivant la réception de la demande. Les questions dont les ministres chargés de la tutelle ou la moitié des membres du conseil demandent l'inscription à l'ordre du jour, sont inscrites de droit.
Le conseil de l'union ne peut valablement délibérer que si la majorité de ses membres ayant voix délibérative assistent à la séance.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximal de vingt jours et délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents.
En cas d'empêchement, un membre du conseil peut donner délégation à un autre membre. Aucun membre ne peut recevoir plus d'une délégation.
Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité simple des membres.
Lorsque le conseil demande au directeur général d'être saisi d'un second projet en application des dispositions du huitième alinéa de l'article L. 182-2-3, il doit l'être dans les vingt jours suivant sa première délibération. Il peut s'opposer à ce second projet par avis motivé à la majorité qualifié des deux tiers.
Le conseil peut entendre toute personne ou organisation dont il estime l'audition utile à son information.
Le collège des directeurs mentionné à l'article L. 182-2, l'agent comptable et le contrôleur budgétaire assistent avec voix consultative aux séances du conseil.