L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les opérations liées au réaménagement du spectre des fréquences radioélectriques font l'objet d'une individualisation budgétaire et comptable.
L'agence gère, au sein d'une comptabilité distincte, le fonds mentionné au 17° de l'article R. 20-44-11. Les dépenses inscrites à la comptabilité de ce fonds comprennent le coût des mesures ainsi que les coûts complets supportés par l'agence pour la gestion du dispositif.
L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.