Les établissements publics du réseau sont tenus de nommer au moins un commissaire aux comptes et, lorsque les conditions définies au deuxième alinéa du I de l'article L. 823-1 sont réunies, un suppléant choisis sur la liste mentionnée à l'article L. 822-1, qui exercent leurs fonctions dans les conditions prévues par les dispositions des livres II et VIII sous réserve des règles qui leur sont propres. Les commissaires aux comptes, désignés dans le respect des dispositions du code des marchés publics, sont nommés par l'assemblée générale sur proposition du président. Les conditions dans lesquelles chaque établissement du réseau publie et transmet à l'autorité de tutelle un bilan, un compte de résultat et une annexe sont déterminées par voie réglementaire.
Les peines prévues par l'article L. 242-8 sont applicables aux dirigeants qui n'auront pas, chaque année, établi un bilan, un compte de résultat et une annexe.