Le montant de l'aide à l'audit mentionnée au 1° de l'article D. 354-1 correspond à tout ou partie du coût de la prestation hors taxes. Il comprend une participation de l'Etat et, le cas échéant, un complément par d'autres financeurs publics. Les règles de plafonnement de cette aide sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget.
L'aide est versée à l'organisme qui a réalisé l'audit global de l'exploitation agricole.