La direction de l'administration pénitentiaire est composée de deux services :
- le service des métiers ;
- le service de l'administration.
Elle comprend également, placés sous l'autorité du directeur :
- la mission de contrôle interne ;
- le cabinet ;
- le département de la communication.
Le service national du renseignement pénitentiaire est rattaché au directeur de l'administration pénitentiaire.
L'Agence du travail d'intérêt général et de l'insertion professionnelle des personnes placées sous main de justice est rattachée à la direction de l'administration pénitentiaire pour sa gestion administrative et financière.