Le directeur du service d'enquêtes judiciaires des finances est le magistrat délégué aux missions judiciaires de la douane et de l'administration fiscale. Il exerce ses fonctions auprès du directeur général des douanes et droits indirects et du directeur général des finances publiques.
Il exerce son autorité hiérarchique sur l'ensemble des entités et des personnels du service.
Il est assisté, pour l'ensemble de ses attributions, de deux adjoints relevant de la direction générale des douanes et droits indirects et de la direction générale des finances publiques.
Le directeur peut déléguer sa signature à ses adjoints dans les domaines où il exerce des pouvoirs propres.