Dans le cadre de l'enquête technique ou de l'enquête de sécurité, l'organisme et les personnes chargées de l'enquête agissent en toute indépendance et ne reçoivent ni ne sollicitent d'instructions d'aucune autorité ni d'aucun organisme dont les intérêts pourraient entrer en conflit avec la mission qui leur est confiée.
Pour les accidents ou incidents ferroviaires, l'indépendance de l'organisme d'enquête s'entend en particulier de tout gestionnaire de l'infrastructure, de toute entreprise ferroviaire et de tout organisme d'évaluation de la conformité. Il est en outre indépendant fonctionnellement de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire, de l'Agence de l'Union européenne pour les chemins de fer et de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires et routières.