La direction générale de l'enseignement et de la recherche comprend, outre l'inspection de l'enseignement agricole et la cellule d'appui au pilotage, directement placées auprès du directeur général :
1. Le service de l'enseignement technique composé de :
1.1. La sous-direction des politiques de formation et d'éducation.
1.2. La sous-direction des établissements, des dotations et des compétences.
2. Le service de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation composé de :
2.1. La sous-direction de l'enseignement supérieur.
2.2. La sous-direction de la recherche, de l'innovation et des coopérations internationales.
3. Le département des affaires transversales.