Le délégué général au développement de l'axe Nord est placé sous l'autorité du préfet de la région Hauts-de-France, préfet du Nord. Il anime et coordonne les travaux du conseil de coordination et en assure le secrétariat. Il est nommé par arrêté du ministre en charge des ports maritimes.
Le conseil de coordination interportuaire et logistique adopte un règlement intérieur qui définit notamment la prise en charge des dépenses de fonctionnement du secrétariat.