Les indemnités en métropole sont décomptées sur la base des horaires de début et de fin de mission. En cas d'utilisation des transports en commun, ces horaires sont ceux figurant sur les titres de transport.
Toutefois, pour tenir compte du délai nécessaire à l'agent pour se rendre au lieu où il emprunte le moyen de transport en commun et pour en revenir, un délai forfaitaire d'une heure est pris en compte dans la durée de la mission avant l'heure de départ et après l'heure de retour. Ce délai est porté à une heure trente en cas d'utilisation d'un moyen de transport aérien ou maritime.
Pour le calcul des indemnités en outre-mer et à l'étranger, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.