Un ou plusieurs magistrats du siège sont chargés des fonctions du juge de l'application des peines dans les tribunaux judiciaires dont la liste est fixée par décret. Il existe au moins un juge d'application des peines par département.
Ces magistrats sont désignés par décret pris après avis du Conseil supérieur de la magistrature. Il peut être mis fin à leurs fonctions dans les mêmes formes.
Si un juge de l'application des peines est temporairement empêché d'exercer ses fonctions, le président du tribunal judiciaire désigne un autre magistrat pour le remplacer.
Pour le fonctionnement de son cabinet, le juge de l'application des peines est assisté d'un greffier et doté d'un secrétariat-greffe.