La fédération adopte, chaque année, un programme prévisionnel d'activité et un budget prévisionnel qu'elle transmet au ministre chargé de la sûreté nucléaire, à l'Autorité de sûreté nucléaire et au Haut Comité pour la transparence et l'information sur la sécurité nucléaire.
Les subventions de l'Etat à la fédération font l'objet d'une convention.
Pour l'application à la fédération des dispositions de l'article L. 612-4 du code de commerce, il est tenu compte des subventions des autorités administratives mentionnées à cet article qui sont directement reçues par la fédération ainsi que des cotisations versées par les membres.