Placée auprès de l'institut, une commission consultative des marchés est chargée de formuler un avis préalablement à la passation des contrats, conventions et marchés ayant pour objet la fourniture à l'établissement de produits, de services ou de travaux.
Un arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé de l'économie et des finances précise la composition de cette commission et les seuils des montants des contrats, conventions et marchés à partir desquels la commission est consultée.